日本に仏教が伝来し、飛鳥・奈良時代になると、次第に仏教が浸透するようになり、それぞれの経典や論書にもとづき、宗派を形成していくようになります。奈良時代の仏教は、経典や論書の研究が中心であり、三論宗、法相宗、華厳宗、律宗、倶舎宗、成実宗、と呼ばれる宗派に代表されます。いわゆる南都六宗と呼ばれる宗派です。
都が京都に遷り、平安時代になると、唐（中国）より新しい宗派が伝えられます。最澄は、唐で天台宗を学び、帰国後、比叡山に延暦寺を建立して、日本に天台宗を開きます。また、空海は、唐で密教を学び、帰国後、高野山に金剛峰寺を建立し、真言宗を開きます。これらの宗派は、学問的な研究が中心であった奈良時代の仏教とは異なり、祈祷が中心であり、祈祷仏教とも呼ばれています。
平安時代になると、中期から末期にかけて、浄土への信仰が次第に強くなっていきます。鎌倉時代になると、法然が浄土宗を開き、親鸞が浄土真宗を開きます。そして、一遍が時宗を開きます。
その一方で、坐禅への関心も強くなります。栄西は、宋(中国）へ渡り、臨済宗の坐禅を学び、帰国後、京都に建仁寺を建立し、日本に臨済宗を開きます。その後、道元も宋へ渡り、曹洞宗の坐禅を学び、帰国後、越前（福井県）に永平寺を建立し、日本に曹洞宗を開きます。これらの宗派は、坐禅を強調するところから、禅宗とも呼ばれています。
また、このころ、『法華経』への信仰も根強く受け継がれていきます。日蓮は、強く『法華経』を信仰し、その題目を唱え、新たな宗派を開きます。日蓮宗です。
その後、江戸時代になると、隠元が明（中国）より来日し、京都宇治に万福寺を建立し、黄檗宗を開きます。また、天台宗の融通念仏派は、融通念仏宗として独立します。
今日、日本の仏教は、宗派の数も多くなっていますが、天台宗、真言宗、浄土宗、浄土真宗、時宗、融通念仏宗、臨済宗、曹洞宗、黄檗宗、日蓮宗、律宗、華厳宗、法相宗などの伝統的な宗派を、日本仏教十三宗として紹介することがあります。また、それぞれの派を加え、十三宗五十六派として紹介することもあります。
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